마우스 염증성 장 질환 모델(Balb/c mice)에서 감귤(Citrus unshiu) 과피 및 과육 에탄올 추출물 처리에 따른 장내미생물 구성 변화 dataset

Taxonomy ID: 55188

마우스 염증성 장 질환 모델(Balb/c mice)에서 감귤(Citrus unshiu) 과피 및 과육 에탄올 추출물 처리에 따른 장내미생물 구성 변화 dataset

감귤 추출물 투여에 따른 대장염 유발 실험동물의 장내미생물 구성 변화 비교

Microbiome, Metagenome, MiSeq, 16s rRNA

온주밀감(Citrus unshiu)_과피, 과육

1. 시료 : BALB/c 마우스 분변(sham(정상대조군), DSS(대장염 유발 음성대조군), 5-ASA(양성대조군), CPE50, CPE100, CPE200(감귤 과피 추출물 50, 100, 200 mg/kg), CPU200(감귤 과육 추출물 200 mg/kg)) 2. Illumina MiSeq : data 전처리-Cutadapt( v3.2), Amplicon sequencing error correction - R(v4.0.3) DADA2(v1.18.0) package, Chimera 서열 제거- DADA2 Consensus method 사용 -> ASVs 형성. 미생물 군집 비교 분석-QIIME(v1.9) normalization, Reference DB (NCBI 16S Microbial DB) BLAST+(v2.9.0) 5, ASVs 서열 간 multiple alignment-mafft( v7.475 6)

ASV abundance, Taxonomy abundance

김민아

배의진

국립농업과학원

2023

내외부공개

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